Насчитывается несколько гипотез о происхождении НЛО. Основная и наиболее популярная из них – гипотеза внеземного происхождения НЛО, о том, что НЛО представляют собой космические корабли инопланетян. Данную гипотезу поддерживает большинство уфологов.Существует также гипотеза о естественном происхождении НЛО. Она основана на том, что все необъяснимые случаи, связанные с НЛО,

либо являются мистификациями, либо следствием наблюдения за явлениями, которые уже известны человеку и изучены современной наукой (метеор, горящий болотный газ, шаровая молния). Уфологов, следующих данной гипотезе, часто называют «скептиками». 
Ультраземная гипотеза происхождения НЛО предполагает земное происхождение НЛО, т.е. что «летающие тарелки» принадлежат цивилизациям, обитающим на Земле параллельно с человеческой.
Также не следует забывать и о гипотезе психосоциального происхождения НЛО К. Г. Юнга, который рассматривал НЛО как своеобразный современный миф, а повышение интереса к неопознанным объектам во второй половине XX века Юнг объяснял обычным стремлением человека в неспокойное время достичь гармонии.
Имеется еще гипотеза о перемещениях НЛО во времени, гипотеза о возникновении НЛО в параллельных мирах, сверхъестественная гипотеза происхождения НЛО.
Все эти гипотезы создавались и развивались на протяжении всей истории человечества. Каждая из представленных гипотез имеет право на существование, во всяком случае, пока человечеству не удастся разгадать загадку феномена НЛО.